Al tiempo de repudiar el asesinato del candidato presidencial ecuatoriano Fernando Villavicencio, el IPYS resalta la fase de su trayectoria en la que ejerció el periodismo de investigación, con importantes denuncias de casos de corrupción.
En 2018, Villavicencio fue finalista del Premio Latinoamericano de Periodismo de Investigación ·Javier Valdez" que otorga el IPYS, con la investigación "Arroz Verde", que demostró presuntos aportes entregados por empresas multinacionales como Odebrecht al movimiento Alianza País entre noviembre de 2013 y 2014, periodo en el que el expresidente Rafael Correa lideraba esa organización política.
En 2017, luego que se le impusiera una orden de prisión preventiva en su país, el entonces editor del blog Focus Ecuador pidió al Gobierno peruano asilo político, solicitud que fue apoyada por el IPYS.
Entonces, el IPYS pidió a la CIDH conceder las nuevas medidas cautelares solicitadas en 2016 por Villavicencio, "ante el reiterado intento de encarcelarlo por ejercer su libertad de expresión".
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